２００２年，建设部针对一些风景名胜区“三无”（无机构、无规划、无管理）和资源破坏严重的状况，根据国务院的要求，开始了为期５年的综合治理工作。省建设厅等部门按照部署，在管理机构设置、设施完善、规划编制和实施、违章建设和破坏资源行为查处、世界遗产项目申报等方面积极开展工作，有效遏制了开发建设中的违规行为，使风景名胜区环境质量和整体面貌明显改善，保护、管理、建设工作逐步走上法制轨道。目前，全省１２个国家级风景名胜区均建立健全了职能履行到位的管理机构，并建起了监管信息系统，景区标志、标牌、界桩设置逐步完善。编制完成了总体规划，其中，三江并流、瑞丽江－大盈江、西双版纳、石林、大理、玉龙雪山、腾冲地热火山等７个景区的总体规划已由国务院批准；大理总体规划（修编）和石林风景名胜区总体规划（修编）已由国务院批准；昆明滇池、普者黑、泸西阿庐、九乡、建水等５个景区的总体规划已编制完成并上报省政府。５年来，全省共查处、制止、处理了风景名胜区内违章建设５７起，拆除违章建筑面积９６９２０余平方米，恢复绿地２６８４６余公顷，退耕还草１４３３余公顷，拆迁水泥厂１家，拆除石灰窑１７座，关闭非法挖沙点６２个；组织了对《无极》剧组违规建设等破坏风景名胜区事件的处理。

    在保证综合治理工作顺利进行的同时，云南省还依托风景名胜区内的资源优势，积极申报世界遗产项目，走国际化、精品化的道路。云南旅游至今已拥有丽江古城、三江并流、石林３个世界遗产地。此外，大理苍山、澄江动物化石群已列入国家申报世界遗产预备清单，元阳梯田、腾冲火山热海申报工作正有序进行。申遗工作使得风景名胜区的品牌形象不断提升，竞争力不断增强，有力推进了云南旅游的“二次创业”.